「ジュエリー・ハーツ・アカデミア」は、世界を救う青春学園ファンタジーです。舞台となる王立ジュエリー・アカデミアでは、特殊な力を秘めた宝石『意志（ジェム）』の研究が行なわれています。主人公は、学園に隠された『賢者の石』を調査するエージェントとして潜入を試みますが、思わぬ展開で新設クラスに配属されることに。個性豊かな6人の落ちこぼれ仲間たちとの出会いが、彼の運命を大きく変えていきます。物語は謎の災厄との戦いへと発展。大陸全域を石化の危機から救うため、クラスメンバーたちは、黒幕組織との壮絶な戦いに身を投じることに。仲間との絆、秘められた真実、そして世界の命運をかけた壮大な冒険が今、幕を開けます。